↑ Las escasas publicaciones deportivas de la época hacen difícil saber con exactitud la fecha de fundación de la sección, aunque su existencia se informó por primera vez en el diario La Voz, quien publicó una noticia el día 8 de diciembre de 1928 indicando que ese mismo día habría un partido de base-ball femenino entre la Federación Universitaria Escolar (FEU) y el Real Madrid. A partir de este momento llegaría el mejor momento del conjunto de Villarreal, logrando cinco victorias consecutivas en liga, una de ellas en el Estadio Vicente Calderón frente al Atlético de Madrid con un gol de Luciano Vietto, además en este mes de diciembre cerraría su participación en la Europa League con una victoria por (0-2) ante el Apollon Limassol, pasando a los dieciseisavos de final como segundo de grupo por detrás del Borussia Mönchengladbach, enfrentándose en dicha ronda contra el Salzburgo. Con ocho títulos desde su llegada como entrenador, en aquel momento se convirtió en el segundo técnico más laureado de la historia del club tras los catorce títulos conquistados por Miguel Muñoz, e igualar los logrados de Luis Molowny. Fue entonces cuando Bernabéu, para evitarlo, compró sus derechos federativos y pasó de manera oficial a ser propiedad del club y a estar bajo dependencia deportiva del primer equipo, el Real Madrid, como Castilla Club de Fútbol.
Castilla C. F. ser el primer equipo filial y de segunda categoría disputar una competición europea. El equipo filial de fútbol vivió sus mejores años consiguiendo un subcampeonato en la Copa del Rey de 1980, cuya final fue una loa al madridismo, ya que se disputó en el Estadio Santiago Bernabéu entre sus dos equipos profesionales: el Real Madrid C. F. y el Castilla Club de Fútbol. Castilla Club de Fútbol de Amancio Amaro. Así, se invitó en la primera edición del denominado Trofeo Santiago Bernabéu a tres campeones de Europa: el Fußball Club Bayern München, el Amsterdamsche Football Club Ajax y la Associazione Calcio Milan. Liga de Campeones para dilucidar su clasificación en competiciones europeas, suscitando serias críticas al equipo y su inmediato futuro. Los éxitos se sucedieron en el plano polideportivo, donde los equipos de voleibol y béisbol se proclamaron campeones de liga y copa. El duelo entre Petrović y el brasileño Óscar Schmidt del Snaidero de Caserta fue ganado por el madridista, autor de 62 puntos frente a los 44 del carioca para un 117-113 final de sus equipos.
El equipo remontó por 6-1 un resultado adverso ante el R. S. C. Anderlecht frente al que había perdido por 3-0 en la ida. Superando todas las expectativas, el sevillismo disfrutó de una temporada memorable, al lograrse la tercera Copa de la UEFA (primera como Europa League) imponiéndose en la final en el Juventus Stadium de Turín al equipo portugués del Benfica en la tanda de penaltis por 4-2. En las rondas anteriores el Sevilla había eliminado a su máximo rival en el primer derbi sevillano europeo. Ese término se acuñó a raíz de la primera remontada, que permitió posteriormente su primer título de la Copa de la UEFA. Campeonato Mundial de Clubes -otrora Copa Intercontinental-. La sueca Asllani fue la máxima referente al anotar ocho goles con los que se situó como máxima realizadora del campeonato. A finales de la década los triunfos de la sección de baloncesto acompañaron a los del fútbol, y el equipo se desquitó por fin frente a los balcánicos.
Durante la década de los ochenta el club vivió un nuevo esplendor abanderado por sus secciones de fútbol y baloncesto, casi ya las únicas dos representantes de la entidad al haber sido clausuradas la mayoría de las otras secciones deportivas. Sin embargo, en el plano institucional se agravó la situación económica debido a la dificultad de mantener algunas de las secciones deportivas con menor repercusión y pocos ingresos, por lo que a principios de la década de los años setenta se suprimieron varias de ellas, mientras que la Agrupación Deportiva Plus Ultra -filial en fútbol-, se vio abocada a la desaparición. Pese a los logros deportivos, desaparecieron secciones como las de béisbol, balonmano, o rugby, mientras que Di Stéfano fue secuestrado por miembros de las Fuerzas Armadas de Liberación Nacional de Venezuela durante la Pequeña Copa del Mundo de Caracas. Copa del Rey en 1989, dos títulos consecutivos de la Copa de la UEFA, en 1985 y 1986, y cinco Ligas consecutivas (1986-90) -igualando el récord del Madrid de los años sesenta de Di Stéfano y como únicas veces que algún equipo ha logrado dicho registro en España-.