En la Serie A, acabaría quinto en clasificación, nuevamente Boninsegna sería el máximo goleador con 22 goles. Bergkamp sería el máximo goleador de esta edición con 8 goles. En la temporada 1993-94, camiseta inter milan llegaron los jugadores holandeses Wim Jonk y Dennis Bergkamp de Ajax. Para la temporada 2001-02 son fichados los Francesco Toldo y Marco Materazzi, llegaba al equipo el entrenador argentino Héctor Cúper, que había llegado ala final de la Champions League en los años 2000 y 2001 con el Valencia CF. Inter quedaría segundo en tabla posiciones de la Serie A 9 años después por un punto detrás de la Juventus después de ganar al Atalanta 0-2 en su casa en la última Jornada. Tras ser derrotado en la primera jornada de liga ante el Piacenza, Lippi fue despedido. En la Serie A, el conjunto llegó a la última jornada primero en liga y dependiendo de sí mismo para ganarla, pero una derrota privó al equipo de volver a proclamarse campeón del Scudetto. En campeonatos nacionales: Juventus 9-1 Inter (Serie A 1960-61) el club jugó con el equipo de juveniles como protesta a la liga.
No constituyen una excepción los exónimos que forman parte del nombre de equipos deportivos radicados en el lugar al que alude el topónimo: Estrella Roja de Belgrado, Inter de Milán, Steaua de Bucarest, Juventus de Turín. La Juventus fue descendida a la Serie B y perdió los Scudettos de 2005 y 2006, y el Inter, que había quedado tercero tras la Juvetus y el AC Milán, reclamó ala FIGC que se le otorgase el Scudetto de 2006, y finalmente así fue, llegando a su décimo cuarto Scudetto para los Nerazzurri, obteniendo de esa manera un título de liga que le correspondía, en todo caso, al AC Mílan, que había quedado segundo en la tabla. Y luego en Milán, en el Estadio Guiseppe Meazza, donde venció por 1 a 0 con gol de Jonk. En la temporada 2002-03, el Inter llegó a semifinales de la Champions donde se enfrentó con el AC Milán; un empate 0 a 0 con el Milán jugando como local; y otro por 1 a 1, dejó a los nerazzurros sin final por la regla del gol visitante. La temporada sería de nuevo exitosa para el club, La Supercopa de Italia de nuevo contra la AS Roma empatando 2-2 y (6-5) en penaltis la definición de la victoria sería del capitán Zanetti para la cuarta Supercopa local, En serie A Inter le quitaría el liderato a AC Milan en la fecha 11 después de ganar 1-0 al Unidese Calcio manteniendo su ventaja y faltando dos fechas del fin de la temporada luego de derrotar a Siena 3-0 sería campeón terminando con una ventaja de 10 puntos de sus rivales Juventus y AC Milan.
A tres fechas del final de la temporada, los Nerazzurri conseguían el decimotercer Scudetto, este sería el último del siglo XX. El Inter quería centrarse en los jóvenes talentos, apostando por jugadores como Alessandro Altobelli, quien llegaba proveniente del Brescia Calcio y desde la cantera, debutaría el defensor Giuseppe Baresi. Esto hizo que llegara un nuevo entrenador, el exjugador Giampiero Marini, que llevaría al equipo a conseguir su segundo título de Copa de la UEFA con jugadores como Rubén Sosa, Giuseppe Bergomi y Walter Zenga. Andreas Brehme, Lothar Matthäus, el argentino Ramón Ángel Díaz y los italianos Walter Zenga, Giuseppe Bergomi, Nicola Berti. El Nerazzurri con la presencia de los tres alemanes Andreas Brehme, Jürgen Klinsmann y Lothar Matthäus, más los italianos Walter Zenga, Nicola Berti y Riccardo Ferri conseguirían la Copa UEFA de 1990/91. Iniciando en treintaidosavos de final ganándole a Rapin Viena por 3-4, Aston Villa por 2-3, Partizán de Belgrado por 4-1, Atalanta por 0-2, Sporting Lisboa por 0-2. El conjunto clasificó a la final donde le tocó enfrentar a la AS Roma. En la Copa Italia llegaría a semifinales y en la Copa de la UEFA alcanzaría la final enfrentando al FC Schalke 04. En la primera final disputada en Gelsenkirchen, el Schalke se impuso por 1 a 0 con gol de Marc Wilmots.
The final between Scudetto winners Milan and Coppa Italia champs Inter is the. La temporada se inició con la Supercopa de Italia, ante la AS Roma, el Inter la ganaría 3-1 con goles de Eto’o y Pandev para llegar a la quinta supercopa local, pero perdería la Supercopa de Europa frente al Atlético de Madrid. Para la temporada 2004-05 se refuerza con Esteban Cambiasso y Juan Veron, el Inter firmaba a Roberto Mancini, un entrenador de 40 años que llegaba de entrenar al SS Lazio. Esto provocó el regreso de la familia Moratti después de 27 años. El 18 de febrero de 1995, Ernesto Pellegrini dejó la presidencia y en su lugar asumió Massimo Moratti como nuevo presidente y propietario del club. La Nueva Camiseta del Inter Milan Primera 2014-2015 pasa de sus clásicas franjas azules y negras a tener una elástica si totalmente negra con minúsculas rayas en tono azul. Desde su fundación en 1908 el Inter ha utilizado rayas verticales azules y negras en su camiseta.