Sebastián Beccacece arribó al club y asumió la dirección técnica teniendo malos resultados. En la Copa Libertadores 1964 se consagró campeón de forma invicta, camisetas de futbol baratas convirtiéndose así en el primer club argentino en consagrarse campeón invicto de la misma. Independiente es desde 1973 el mayor campeón de la Copa. Sin embargo, este hecho no se da en el ámbito intercontinental; considerando Copa Intercontinental y Copa Suruga Bank, suma en total 8 finales disputadas, de las cuales triunfó en 3 (dos en la Copa Intercontinental y una en la Copa Suruga Bank).