Encaminado en esa línea el club inició extensas y numerosas giras para proseguir con la expansión de la entidad llegando a sus más altos registros económicos y de popularidad que se vieron reforzados con numerosos acuerdos entre los que destacó la venta de la Ciudad Deportiva del Paseo de la Castellana, merced a la cual el club llevó a cabo años después uno de sus más ambiciosos proyectos: la construcción de la Ciudad Real Madrid. Secundados por los éxitos deportivos, se marcó una línea de trabajo para reforzarse como una de las entidades más valoradas y reconocidas del mundo además de consolidar la confianza en jóvenes futbolistas de gran proyección con vistas al permanente crecimiento institucional. Eso ayudó a convertir de nuevo al equipo en uno de los más prestigiosos del mundo junto a una nueva remesa de canteranos. Desde entonces el club siguió la política de contratar a los mejores jugadores del mundo para dar mayor proyección e ingresos al club. Jugadores como Isco Alarcón, Nacho Fernández, Carlos Casemiro o Gareth Bale -todos ellos jóvenes y con proyección- encabezaron una revolución deportiva en la que el club obtuvo la mayor cantidad de ingresos por ventas en toda su historia.
Reelegido Florentino Pérez como presidente, centró sus tareas a sanear deportiva y socialmente al club. Florentino y la entrada en la posiblemente peor etapa institucional del club desde la guerra. Asamblea Extraordinaria-: la entrada de presuntos ultras en ella. En ella la figura de entrenador pasó a ser denominada como mánager deportivo, variando sus funciones y encargándose de toda la sección deportiva de la sección futbolística, desde la planificación y desarrollo de los futbolistas hasta el trabajo de campo, conocido como entrenador o preparador. En ellas sumó un total de catorce títulos que le sitúan como el mejor equipo de la competición entre sus 531 participantes históricos. El Sevilla comenzó la temporada perdiendo en un mal partido la Supercopa de Europa ante el Real Madrid por 2-0. A pesar de ello, el equipo acabó quinto en una Liga de récord (76 puntos, a sólo dos del tercero), y revalidó el título de campeón de la Europa League siendo además el primero que consigue el bicampeonato dos veces consecutivas (2006-2007 y 2014-2015), siendo esta la tercera vez en la historia de la competición ya que anteriormente el Real Madrid lo hizo en los años 1985-1986 y convirtiéndose en el equipo más laureado de dicha competición con 4 títulos.
En Liga, los amarillos encadenaron tres partidos sin ganar, ante U. D. Las Palmas (0-1), Sevilla F. C. (4-2) y F. C. Barcelona (2-2), hasta que vencieron a la SD Eibar en Ipurúa (1-2). En cuartos de final, el sorteo fue generoso por fin con el Submarino Amarillo. Ambos fueron dos de los jugadores internacionales del club que consiguieron proclamarse vencedores de las Eurocopas de 2008 y 2012 y de la Copa Mundial de 2010 de selecciones y conseguir el «triplete» con España. La sección de baloncesto consiguió unos registros históricos en su trayectoria tras lograr cuatro títulos en una misma temporada entre los que destacó finalmente la novena Copa de Europa. Con posterioridad, el que fue una de las mayores figuras de la sección, Pedro Ferrándiz, fue nombrado socio de honor de la entidad, la más alta distinción individual entregada por el club por su labor para con el club durante su trayectoria. En 1956, asciende por primera vez a Tercera División, manteniéndose en la categoría durante cinco campañas consecutivas, hasta 1961, momento en que desciende a Primera Regional. El Villarreal C. F. debutó en Segunda División en la temporada 1970-71, salvando la categoría al clasificarse en el puesto 16.º, pero descendiendo en la campaña siguiente al acabar 17.º. Durante los 25 años posteriores el equipo se mantiene siempre en categoría nacional (excepto la campaña 1976-77), consiguiendo ascender a 2ªB en la temporada 1986-87. Tras un breve paso por Tercera en 1990-91, el equipo cosecha dos ascensos consecutivos que le permiten -20 años después- retornar a la Segunda División del fútbol español.
50 000 habitantes, Villarreal se apunta como la número uno en porcentaje de población abonada. Con esta victoria Marcelino García Toral necesitaba nuevos jugadores para hacer frente a tres competiciones y consiguieron la cesión de Denís Chéryshev procedente del Real Madrid C. F., ficharon a Luciano Vietto y a Jonathan Dos Santos entre otros fichajes como Antonio Rukavina. Así, numerosos patrocinios, firmas, giras, eventos, inter milan camiseta la Fundación Real Madrid y nuevas áreas de la entidad entre otras medidas sirvieron para incrementar la imagen del club. Provocados por una mala reconstrucción deportiva y la inestabilidad establecida entre los entrenadores, donde en dieciocho meses llegaron a pasar por el banquillo hasta cuatro entrenadores, afectaron a la entidad. Tras esto llegarían dos victorias ante el Celta y el Almería, racha que acabaría con una derrota por (2-1) ante el Sevilla F. C.. Segunda, al quedar antepenúltimo (descendían dos), y logrando la salvación en el último partido de la temporada, ante el Atlético de Madrid.