La siguiente década se caracteriza por la reconstitución del Club Deportivo Los Millonarios como Millonarios Fútbol Club, una sociedad anónima, con acciones a la venta que adquirieron varios hinchas. El máximo goleador de la historia del club es Alan Shearer quien desde 1996 hasta su retirada en 2006 anotó un total de 206 goles, y es también el máximo goleador de la historia de la Premier League desde que se fundó en 1992, y es considerado como uno de los mejores delanteros del fútbol europeo y mundial.
